حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در تاریخ 8 آبان 1368 آقای علی شمخانی را به سمت فرماندهی نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب کردند. با توجه به اینکه شمخانی پیش از این سابقه حضور در ارتش جمهوری اسلامی را نداشت و در سپاه پاسداران خدمت می‌کرد، رهبر انقلاب در این حکم وی را به ارتش جمهوری اسلامی انتقال داده و درجه‌ی سرتیپی نیروی دریایی «دریاداری» را به او اعطا کردند.
گفتنی است پیش از شمخانی، تیمسار محمد حسین ملکزادگان فرمانده نیروی دریایی ارتش بود که رهبر انقلاب در این حکم از وی تشکر کرده و اظهار امیدواری نمودند که در گروه مشاوران فرمانده کل، از تجربه و کارآئی وی استفاده شود.
علی شمخانی، در سال 1334 در اهواز به دنیا آمده و در دوران پیش از انقلاب در گروه منصورون فعالیت کرده است. او بعد از فرماندهی نیروی دریایی در سال 1376 به عنوان وزیر دفاع انتخاب شد. در انتخابات دوره هشتم ریاست جمهوری به عنوان کاندیدا به رقابت پرداخت و با کسب حدود یک میلیون رای در جای سوم قرار گرفت. وی در حال حاضر رئیس مرکز مطالعات راهبردی نیروهای مسلح، و عضو شورای راهبردی روابط خارجی ایران است.