در پی‌ ارتحال‌ حضرت‌ آیت‌ الله‌ العظمی‌ گلپایگانی‌، حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌ پیام‌ تسلیتی‌ به‌ این‌ شرح‌ خطاب‌ به‌ حضرت‌ آیت‌ الله‌ العظمی‌ اراکی‌ صادر کردند.
بسم‌ الله‌الرحمن‌ الرحیم‌
اناالله‌واناالیه‌ راجعون‌
حضور مبارک‌ آیت‌ الله‌ العظمی‌ آقای‌ حاج‌ شیخ‌ محمدعلی‌ اراکی‌ دامت‌ برکاته‌ رحلت‌ تأسف‌ بار مرحوم‌ آیت‌الله‌ العظمی‌ آقای‌ حاج‌ سیدمحمدرضا گلپایگانی‌ طاب‌ ثراه‌ که‌ از مراجع‌ بزرگ‌ اسلام‌ و از مفاخر فقاهت‌ اهل‌ بیت‌ علیهم‌ السلام‌ و از نمونه‌های‌ برجسته‌ تقوا و صیانت‌ نفس‌ بودند موجب‌ تأسف‌ و اندوه‌ عمیق‌ گردید. معظم‌ وله‌ از جمله‌ی‌ فقهای‌ عالیمقامی‌ بودند که‌ ثلمه‌ فقدان‌ ایشان‌ برای‌ عالم‌ تشیع‌ موجب‌ ضایعه‌ و خسارت‌ فراوان‌ گردید. اینجانب‌ این‌ مصیبت‌ بزرگ‌ را به‌ جنابعالی‌ تسلیت‌ می‌گویم‌ و سلامت‌ و طول‌ عمر با برکت‌ شما را از درگاه‌ خداوند متعال‌ مسئلت‌ می‌نمایم‌.
25 جمادی‌ الثانی‌ 1414 ـ سید علی‌ خامنه‌ای