حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی حکمی حجت‌الاسلام والمسلمین شیخ محسن قمی را به ریاست دفتر نمایندگی در دانشگاه‌ها منصوب فرمودند. این انتصاب پیرو نامه‌ی آیت‌الله جنتی به معظم‌له انجام گرفت.
آیت‌الله جنتی در نامه‌ی خود، استعفای حجت‌الاسلام والمسلمین سیدعلیرضا صدر را از مسئولیت نهاد نمایندگی ولی‌فقیه به استحضار مقام معظم رهبری رسانده و حجت‌الاسلام والمسلمین شیخ محسن قمی را جهت تصدی این مسئولیت پیشنهاد نموده بود.
متن حکم حضرت آیت‌الله خامنه‌ای و نامه‌ی آیت‌الله جنتی به شرح زیر است:
 

بسم الله الرحمن الرحیم‌

با تشکر و تقدیر از تلاش و مجاهدت چندساله‌ی جناب آقای صدر (دام بقائه)، از پیشنهاد مزبور استقبال میکنم و جناب حجّت‌الاسلام آقای قمی را که حائز مراتب فضل، تقوا و بصیرت و مفتخر به انتساب به بیت عالی شهادت‌اند، به ریاست دفتر نمایندگی در دانشگاه‌ها منصوب مینمایم. و امید است دنباله‌ی حرکت ارزشمند گذشته به احسن وجه و همراه با ابتکار و خلّاقیّتی که مقتضای حسّاسیّت و رشد فرهنگی کشور است، با تدبیر و اقدام معزی‌الیه گرفته شود.

والسّلام علیکم و رحمةالله‌
سیّدعلی خامنه‌ای   
 

محضر مبارک حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مد ظله العالی)
رهبر معظم انقلاب اسلامی
سلام علیکم‌
احتراما با توجه به استعفای جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای سید علیرضا صدر از مسؤولیت نهاد نمایندگی ولیفقیه در دانشگاهها، این شورا بر اساس وظیفه مصرح در اساسنامه نهاد بدین وسیله جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای محسن قمی را که از بیت شهادت و از فضلای ارزشمند حوزه علمیه قم بوده و از سابقه طولانی ارتباط با دانشگاه و نیز انجام فعالیتهای موفق فرهنگی و تربیتی در نهاد برخوردارند را برای تصدی این مسؤولیت پیشنهاد مینماید.
دوام عمر با عزت حضرتعالی را از خداوند متعال خواستارم.

رئیس شورای نمایندگان ولی‌فقیه در دانشگاه‌ها
احمد جنتی