یکی از محورهای مهم بیانات رهبر معظم انقلاب در دیدار طلاب، فضلا و اساتید حوزه‌ی علمیه‌ی قم، مسئله‌ی نظام رفتاری و اخلاقی حوزه است که یکی از عرصه‌های مورد نظر رهبر معظم انقلاب برای تحول در حوزه می‌باشد. ایشان به سه مؤلفه در باب نظام اخلاقی و رفتاری حوزه‌ اشاره کردند که عبارتست از:

تکریم اساتید و اشخاص فاضل
پرداختن به معنویت و تهذیب
گرایش‌ها و احساسات انقلابی در حوزه

تکریم استاد
از آنچه در فرمایش ایشان درباره‌ی سفارش نخست یعنی تکریم استاد وجود دارد می‌توان دو نکته را استخراج نمود:
اولین نکته این است که تکریم استاد، تکریم علم است، چون اساتید، صاحبان علم و دانش هستند. رهبر معظم انقلاب در خصوص تکریم فضلای حوزه بیشتر به شأن علمی ایشان نظر دارند. تکریم اساتید حوزه همواره در سنت بزرگان حوزه‌های علمیه وجود داشته است و آن‌ها به علم و دانش ارزش و بها می‌دادند. ارزش دادن به علم موجب رونق دانش می‌شود و برعکس، بی‌توجهی به این مسئله موجب افت علمی در مراکز علمی و حوزوی می‌شود. به تعبیر دیگر ارج نهادن به علم با ارج نهادن به صاحبان علم یعنی عالمان، فضلا و مراجع تقلید تحقق می‌یابد، چون علم در سینه‌ی عالمان است. تکریم عالمان موجب شکوفا شدن علم می‌شود. وقتی ما به عالمان احترام بگذاریم، آنها را ارزشمند تلقی کنیم و آداب علمی را درباره‌ی ایشان رعایت کنیم، آن وقت با این تکریم موجب رونق‌بخشی علم در حوزه‌های علمی می‌شویم. در سفارش‌های اخلاقی دانشمندان و علمای اخلاق ما نیز احترام به عالمان و فاضلان فصلی مهم و اساسی تلقی می‌شود.

دومین نکته در مورد احترام گذاشتن به اساتید، حقی است که استادان بر گردن متعلمین و شاگردان دارند؛ یعنی جدای از دانشی که استاد دارد و قابل احترام است، انتقال خود دانش حقی برای استاد ایجاد می‌کند که این حق باید از سوی یادگیرندگان دانش یعنی طلاب به‌جا آورده شود؛ ضمن این‌که استاد در سفارش‌های دینی و میهنی، به عنوان پدر معرفی شده است. انسان یک پدر نسبی و خونی دارد، همچنین یک پدر دیگری نیز دارد که علم را در ذهن و جان او جای می‌دهد و این همان استاد اوست که حق بزرگی بر گردن او دارد و به‌خاطر این حق باید تکریم شود. لذاست که تأکید رهبر انقلاب بر تکریم استاد از دو جنبه است: یکی از حیث علم و دانشی که در سینه‌ی اساتید وجود دارد و دیگری از جهت حقی که استاد بر گردن متعلمینش دارد. این احترام گذاشتن هم تکریم علم است و هم تکریم صاحبان حق که هر دو از موازین مهم نظام اخلاقی و رفتاری در حوزه‌ها هستند.

پرداختن به معنویت و تهذیب
دومین مؤلفه، پرداختن به معنویت است. وقتی ایشان درباره‌ی «سخن برآمده از دل» صحبت می‌کنند و این‌که چنین سخنی شفابخش است، به دلیل تأثیری است که زبان معنوی می‌تواند در پرورش روحی طلاب بگذارد. باید به سراغ اساتیدی رفت که سخن شفابخش دارند؛ لذا به عنوان یک نکته باید دقت کنیم که در حوزه‌ها فقط نباید احکام رفتارهای اخلاقی رعایت شود بلکه معنویت نیز باید عرضه شود.

یک وقت ما به بحث «احکام رفتاری» می‌پردازیم که همان رفتارهایی هستند که احیاناً از آن‌ها به عنوان «اخلاق» یاد می‌کنیم، مثلاً به احکام غیبت می‌پردازیم و آن را نهی می‌کنیم یا به احکام دروغ می‌پردازیم و... اما یک وقت از روح این احکام سخن می‌گوییم، آن روحی که باید دل و جان یک طلبه را محب پروردگارش کند و او را برای این‌که حب الهی در این دل بنشیند، پاکیزه بسازد. طبیعی است که در حوزه باید به سراغ اساتیدی رفت که دل آن‌ها به نور معنویت و محبت الهی روشن و منور شده است و باید از آن‌ها کسب فیض معنوی کرد. به همین دلیل هم ایشان در جمع شورای عالی حوزه‌ی علمیه‌ی قم تصریح کردند  که باید به عرفان عملی، بیش از عرفان نظری بها داده شود؛ چون این عرفان عملی است که موجب تنویر قلوب می‌شود. پرداختن به عرفان عملی، مسائل معنوی و تهذیبی بهترین انگیزه‌ها را برای طلاب و متعلمین علوم دینی پدید می‌آورد و آنها را برای دفاع از حریم دین، ارشاد، دستگیری و جهت‌دهی مردم به سمت خدا آماده می‌کند.

گرایش‌ها و احساسات انقلابی در حوزه
سومین نکته‌ای که از کلام رهبر انقلاب قابل برداشت است و من با عنوان «عرفان مثبت» از آن یاد می‌کنم این است که دو نوع معنویت داریم: یکی معنویت عزلت‌نشین که فرد را در انزوا فرو می‌برد و از جامعه دور می‌کند، معنویت دیگر انسان را وظیفه‌شناس و دردفهم جامعه می‌کند و به این باور می‌رساند که باید در میان خلق بود و در میان خلق زندگی کرد و خلق را به خدا دعوت کرد؛ وقتی هم که وارد خَلق و جمع می‌شود، طبیعتاً باید با ضوابط زندگی جمعی اعم از سیاسی، حقوقی، اجتماعی و اقتصادی آشنا باشد و با این روحیه به معنویت ترغیب و به خدا دعوت کند. به تعبیر دیگر معنویت را با تدابیر زندگی سیاسی، اجتماعی و انقلابی در هم ‌آمیزد که ما این روحیه را در میان عارفان جبهه‌های حق علیه باطل به خوبی سراغ داریم.

واقعاً این افراد مظهر یک عرفان انقلابی، مثبت و بیدار بودند که در عین حال که دلداده‌ی خدا و عاشق لقاءالله بودند اما در اصلی‌ترین میادین اجتماعی و در خط مقدم مبارزه قرار داشتند و انقلاب در وجود آنها متبلور شده بود. روحیه انقلابی و جهادی در وجود آنها کاملاً مشهود بود و در عین حال یک عارف واقعی هم بودند. ما یک چنین معنویتی می‌خواهیم، معنویتی که با روحیه‌ی انقلابی جمع شود و خدا را در گوشه‌ها و کنج‌ها جست‌وجو نکند، بلکه خدا را خدای خلق ببیند که باید از میان این خلق به این خدا رسید.

یک چنین نظام اخلاقی و رفتاری برای حوزه‌ی علمیه‌ی تشیع در جامعه‌ی امروز می‌تواند حوزه را با اخلاق انقلابی و مترقی خودش پیشرو و هادی سازد.