در پی رحلت عالم جلیل آیةالله آقاى آقانجفى همدانى، رهبر انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر کردند. متن پیام به شرح زیر است.

بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم

جناب حجةالاسلام و المسلمین آقاى حاج سید ابوالحسن موسوى امام جمعه محترم همدان
خبر رحلت عالم جلیل مرحوم آیةالله آقاى آقانجفى همدانى موجب تأثر و تأسف گردید. این مرد شریف و بزرگوار که علم و تقوى و معرفت و عمل صالح را در طول عمر کهن خود جمع کرده بود، حقاً یکى از علماى ابرار و اَعلام علم و دین در زمان ما محسوب مى‌شد که خود از سرسپردگان انقلاب و ارادتمندان به خیل عظیم جوانان بسیجى ما بود.
رحلت آن بزرگوار براى جامعه‌ى ما ضایعه‌یى سنگین است. اینجانب درگذشت این مرد بزرگوار را به مردم مؤمن و انقلابى همدان، بخصوص به جناب‌عالى و جامعه‌ى علمى آن شهر و همچنین به خانواده‌ى محترم و بازماندگان مکرم ایشان تسلیت عرض مى‌کنم و از خداوند رحمت و فضل و مغفرتش را براى ایشان مسألت مى‌نمایم.

والسّلام علیکم و رحمةالله و برکاته

سیّد على خامنه‌اى
۱۳۷۵/۷/۹