به مناسبت درگذشت آیت‌الله آقای حاج مجتبی عراقی، مقام معظم رهبری پیام تسلیتی خطاب به حجت‌الاسلام حاج شیخ محمود عراقی صادر فرمودند. متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است.

بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجة الاسلام آقای حاج شیخ محمود عراقی دامت تأییداته
درگذشت عم بزرگوارتان مرحوم آیت الله آقای حاج مجتبی عراقی رحمةالله علیه را به جنابعالی و فرزندان و بازماندگان و بیت محترم محمدی عراقی تسلیت عرض می‌کنم. این عالم خدوم و پر تلاش سراسر عمر خود را در خدمت به حوزه‌های علمیه و علوم اسلامی مصروف نمود و در دوران انقلاب با تقدیم شهیدی عزیز در صف ایثارگران انقلاب اسلامی قرار گرفت. ارادت آن مرحوم به امام راحل و توجه امام بزرگوار به ایشان نیز از جمله‌ی سوابق با ارزش این مرد خدوم است. از خداوند متعال علو درجات ایشان را مسئلت نموده امیدوارم زحمات با ارزش ایشان مشمول قبول الهی قرار گیرد و با اولیای مطهر و معصوم علیهم السلام محشور گردد. انشاء الله
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه‌ای
26/1/1380