حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور حکمی آقای دکتر علی‌اکبر ولایتی را بهعنوان رئیس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی منصوب کردند.
متن حکم رهبر معظم انقلاب به شرح زیر است:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

اعضای محترم هیأت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی

با عنایت به فقدان تأثرانگیز رئیس محترم هیأت مؤسس و هیأت امناء دانشگاه و سکوت اساسنامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی در چگونگی انتخاب رئیس هیأت مؤسس و ضرورت تسریع در انتخاب فرد عهده‌دار این مسئولیت، جناب آقای دکتر علیاکبر ولایتی از اعضای آن هیأت را به‌عنوان رئیس هیأت مؤسس منصوب میکنم تا هیچگونه وقفه‌ای در تمشیت قانونی امور آن دانشگاه -که نقش مؤثری در امر آموزش عالی کشور دارد- بوجود نیاید. همکاری اعضای محترم هیأت مؤسس و هیأت امناء و شورای عالی انقلاب فرهنگی در تکمیل اعضای هیأت مؤسس و هیأت امناء مورد انتظار جدّی اینجانب است.

سید علی خامنه‌ای
۳۰ دی‌ماه ۱۳۹۵