در پی درگذشت عالم جلیل‌القدر و روحانی پارسا و پرهیزکار مرحوم آیت‌الله آقای حاج میرزا نصراله شبستری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر کردند.
متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم جلیل‌القدر و روحانی پارسا و پرهیزکار مرحوم آیت‌الله آقای حاج میرزا نصراله شبستری اعلی‌الله مقامه را به عموم اهالی مؤمن و غیور آذربایجان مخصوصاً مردم عزیز تبریز، و نیز به حوزه‌ی علمیه و روحانیون معظم بویژه امام جمعه‌ی محترم تبریز و بالاخص به فرزندان و بازماندگان گرامی و ارادتمندان ایشان بویژه اهالی محترم شبستر و خامنه تسلیت می‌گویم و علوّ درجات آن روحانی فرزانه و خدمتگزار را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم. پیوند مودّت و صمیمیت دیرپای اینجانب با آن عالم با صفا و دوست صادق موجب آن است که خود را، همدل و همدرد بازماندگان و علاقمندان ایشان بدانم. رحمت خدا بر او و بر همه‌ی بندگان صالح و صادق.
والسلام علی عباداله الصالحین
سیدعلی خامنه‌ای
 1 بهمن 1382