حجت‌الاسلام‌والمسلمین قمی -مسئول نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه‌ها- و حجت‌الاسلام‌والسلمین ابوترابی -مسئول نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه تهران- در نامه‌ای به رهبر معظم انقلاب با اشاره به اغتشاشات خردادماه و بازداشت شماری از دانشجویان در این اغتشاشات، خواستار عطوفت و رأفت اسلامی نسبت به دانشجویانی شدند که از اصحاب فتنه متمایز بودند.
در این نامه آمده است: در صورت صلاح‌دید دستور فرمایید نسبت به تعداد اندک دانشجویانی که به دلیل کنجکاوی یا تعرض به حریم یکی از خوابگاه‌ها یا مطالبات صنفی و سیاسی دیگر، اما متفاوت با اصحاب فتنه، یا غفلت، یا نداشتن تحلیل نسبت به مجموع وقایع و ظرف زمانی آن گرفتار تبعات سیاسی یا امنیتی یا انتظامی حوادث اخیر شده و از فتنه‌گران و آشوب‌طلبان برائت جسته و وفاداری خود را به نظام جمهوری اسلامی اعلام کرده‌اند، مشمول عطوفت و رأفت اسلامی قرار گیرند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پاسخ به این نامه، ضمن موافقت با کلیات این پیشنهاد، تأکید کردند: چگونگی اجرای آن بر عهده‌ی مراکز مسئول است.
متن نامه‌ی حجج‌اسلام‌والمسلمین قمی و ابوترابی به رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسمه تعالی
محضر مبارک حضرت آیت‌الله خامنه‌ای دامت‌برکاته
رهبر معظم انقلاب اسلامی
با سلام و تقدیم ادب و احترام
ودیعه‌ی گران‌سنگ انقلاب اسلامی با توجه به دستاوردهای تعیین‌کننده‌ی سیاسی، اجتماعی و فرهنگی آن، همواره هدف کینه و عداوت قدرت‌های شرک‌آلود و ضد بشری بوده است. به رغم پرشماری دسیسه‌ها، به مدد بی‌نهایت خداوندی کشتی پولادین انقلاب از دریای متلاطم حوادث به‌سلامت عبور و ناخدای خدامحور آن امت عدل و امامت را به مقصد رهنمون گشته است.
حوادث اخیر خرداد و تیرماه را نیز باید در شمار همین فتنه‌گری‌ها ارزیابی و تحلیل کرد؛ فتنه‌ای که با پیش‌بینی نادرست از رفتار و عکس‌العمل مردم به‌ویژه دانشجویان برنامه‌ریزی و اجرا گردید.
گرچه تلاش تبلیغاتی و عزم برخی دولتمردان آمریکایی و غربی دمیدن بر آتش فتنه بود، اما این تجربه بار دیگر اثبات نمود عِدّه و عُدّه‌ی آنان در سرزمین شهیدان از عمق و گستردگی توهم‌آلودشان برخوردار نیست و سال‌ها فتنه‌انگیزی منطقه‌ای و داخلی جز بی‌حاصلی و یأس و ناامیدی رهاوردی برای آنان نداشته است.
در این میان دانشجویان، دانشگاهیان، تشکل‌های دانشجویی و مردمِ کوچه و خیابان و جوانان حزب‌اللهی هرکدام نقشی سترگ ایفا کردند و چون دامن از فتنه برچیدند در میدان، جز معدودی متهتّک مزدور و یا جاهل و خودسر کسی باقی نماند. مسئولان ذی‌ربط نیز با کلیّت ماجرا حتی همین جمع محدود برخوردی دقیق، دوراندیشانه، واقع‌بینانه و در عین حال قاطع و ارشادی اتخاذ کردند که نتیجه‌ی آن، مهار و کنترل آشوب با کمترین هزینه و رسوایی و بی‌فرجامی ارباب و اصحاب فتنه با بیشترین خفت و خواری بود و این خود برگ زرینی از افتخارات انقلاب اسلامی است که مدیون هوشیاری ملت و هماهنگی و همدلی مسئولین می‌باشد.
اینک که به لطف خدای متعال غبار فتنه فرو نشسته، خواهشمند است در صورت صلاح‌دید دستور فرمایید نسبت به تعداد اندک دانشجویانی که به دلیل کنجکاوی یا تعرّض به حریم یک از خوابگاه‌ها یا مطالبات صنفی و سیاسی دیگر، اما متفاوت با اصحاب فتنه یا غفلت یا نداشتن تحلیل نسبت به مجموع وقایع و ظرف زمانی آن گرفتار تبعات سیاسی یا امنیتی یا انتظامیِ حوادث اخیر شده و از فتنه گران و آشوب‌طلبان برائت جسته و وفاداری خود را به نظام مقدس جمهوری اسلامی اعلام می‌دارند، -همان‌گونه که سیره‌ی همیشگی حضرت‌عالی بوده است- با عطوفت و رأفت اسلامی رفتار و زمینه‌ی آزادی آنان فراهم گردد.
سیدمحمدحسن ابوترابی، محسن قمی